Sabayon è basato su Gentoo, che è progettato per essere modulare e portabile al massimo, ma soprattutto ottimizzato per la macchina su cui gira; questo si traduce nel distribuire i sorgenti, che poi vengono compilati dal sistema operativo, che utilizza i parametri migliori per la macchina su cui sta girando.
La caratteristica di Sabayon di partire dai sorgenti, quindi, gli deriva da Gentoo, come anche l'utilizzo di Portage per la gestione dei package.

La differenza delle due distribuzioni sta nel fatto che Sabayon esegue l'istallazione iniziale partendo da package precompilati invece che dai sorgenti come Gentoo.
Questa caratteristica sembrerebbe togliere il punto forte di questo approccio, ma non è proprio così. Gli sviluppatori hanno mantenuto le caratteristiche di Gentoo (infatti per istallare OpenOffice devi compilarlo), ma danno una possibilità in più a chi non ha voglia di compilare troppa roba: aspettare la prossima release. Questo fa in modo che l'utilizzo di Sabayon sia semplice per chi non ha troppo tempo da perdere, ma allo stesso tempo customizzabile al massimo come Gentoo.
Va detto che come in Gentoo i cicli di rilascio di nuove versioni sono molto frequenti, quindi i nuovi programmi o le loro nuove versioni sono implementati rapidamente nel sistema operativo.